デバッグバージョンでコンパイルすると起動し、
リリースバージョンもVCのデバッガ上なら動作するが、
リリースバージョンを単独で立ち上げると、
DocやViewのコンストラクタまでは行くものの
OnNewDocumentまでたどり着けずアプリが起動しない症状には、
どんな原因がありそうですか？

#ifdef _DEBUG などはウィザードの作成したもの以外ありません。
リビルドや「プロジェクトの設定」の最適化の無効もだめでした。