動的かどうか、柔軟かどうかはプロトタイプベースかクラスベースかとは直接関係ないんでしょ?
(プロトタイプベースのほうが柔軟にはしやすいのだろうけど)
じゃあ、あとはどっちを使うかは個々人の流儀の問題で、ただの好き好きに過ぎないって事ですか?

世の中でクラスベースが主流なのは何故?
処理系を実装しやすいのか? 静的な型チェックを厳密にできるからか? 単なる歴史的な経緯か?
世の中をclassifyしたがる人間の性か?