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マニフェストなんてそんなに変更ないんじゃないかい?
JADは(大雑把に言えば)それにJARのサイズくっつけるだけだから
15分もあれば自動生成スクリプト書けるっしょ。(Javaで書けば
antのjavaタスクにできるけど、結局VMもう一個立ち上がるしなぁ)
フォルダ生成もantのタスクで可能なはずだし、
一回思い切って時間割いてbuild.xml書いてしまえば後々楽だぞい。

# 確かV用のbuild.xmlのテンプレどっかで公開してたな……
# 場所忘れたが。漏れはそれをあう用に手直しして使ってた。