こんなもんかな？　コマンドラインでチェックデジットを除く
12桁の数字を入力したとして、

public static void main(String args[]){
int[] value = new int[13];
int a=0;
int b=0;

for(int i=0; i<12; i++){
value[i] = args[0].substring(i);
}
value[12] = 0;

for(int j=0; j<12; j++){
if(j%2 == 0){
b += value[j];
}else{
a += value[j];
}
}
a = a * 3;
a = a % 10;
b = b % 10;
value[12] = 10 - a - b;

for(int k=0; k<13; k++){
System.out.print(value[k]);
}
System.out.print("\n");
}