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file() または open() に使うファイル名は，
指定したファイル名のファイルがすでに存在すれば上書き
指定したファイル名のファイルがまだ存在しなければ新たなファイルを作成
します．

二次元のデータ列 a をカンマ句切りで出力したいのなら，
file('data.txt', 'w').write('\n'.join(map(lambda row: ', '.join(map(str, row)), a))

と書けばカンマ句切りで出力できます．

愚直に書くと，
datafile = file('data.txt', 'w')
for row in a:
　for col in row:
　　datafile.write('%d, ' %(col))
　datafile.write('\n')
datafile.close()

です．

map() については，http://www.python.jp/pub/doc_jp/lib/built-in-funcs.html#l2h-49
lambda 形式は，http://www.python.jp/pub/doc_jp/tut/node6.html#SECTION006750000000000000000
を参照してください