>>300
301さんが解答ですよ。

　　scanf("%c",&a[i]);

で一文字読み込んだとき、まだ標準入力のバッファには改行文字が残っているのです。
それが自動的に偶数回のscanf(...)の入力となっています。

　　scanf("%c",&a[i]);
　　fflush(stdin);

として標準入力のバッファをクリアしてあげれば、一文字ずつ入力できます。