>>619
おそらく両方使えると思う。
最新版のJOGL1.1は少しわかりにくいところにあるので書いておきます。
https://jogl.dev.java.net/servlets/ProjectDocumentList?folderID=1045&expandFolder=1045&folderID=1045

あと、いちおうJOGL、LWJGLの特徴的なものを書いとくんで参考にどうぞ。
JOGL
将来J2SEで javax.media.opengl パッケージで提供される予定(http://jcp.org/en/jsr/detail?id=231)
多機能だが、単純にOpenGLをJNI経由で呼び出すだけではなく、呼び出し時に色々処理をしているようで、多少遅い。
GUIはSwingを使う。

LWJGL
機能は少ないが、単純にOpenGLをJNI経由で呼び出す以外の処理をしていないので、多少早い。
GUIは各OSのネイティブUIを使う。