です。開発者は UNIX や Windows 上とバラバラで、CVS サーバは UNIX 上なんです。

UNIX 上の人はコマンドラインから cvs commit なので EUC-JP オンリーで化けず、
全体の 40% を占める Windows 上プログラマがコメントを SJIS で書くので
文字コードの混在でしょぼんな状況です。