NUnitだけど、exeファイルをテストする事は出来ないよね？
で、以下のような仕組みにしている。

作成中のプロジェクトをWindowsアプリからクラスライブラリに変更
　-> MyAppCore.dll
作成中のプロジェクトを走らせるだけのWindowsアプリ・プロジェクトを作成
　-> MyAppRunner.exe(MyAppCore.dllを参照に追加)
内部的なコードはMyAppCore.dllの起動関数を呼び出すだけ。
テストプロジェクト
　-> Test.dll(MyAppCore.dllを参照に追加)

まぁなんというか、もっとスマートなやり方はないのかなと思った次第。