CreateParams を override して WS_VISIBLE を落としてもダメ、
Form の Load イベントで this.Hide() しても this.Visible = false; してもダメ、
Application.Run を Form.ShowDialog にしてもダメ。
(関係ないけどRun の代わりに ShowDialog 使うと Dialog 終了後のメッセージが処理されないので
表示した NotifyIcon を Form が Close される前に消さないとゴミが残る・・・)

VisibleChanged イベントのハンドラで Hide すると何とか消えるけど、一瞬表示されるのでちらつきます。
タスクトレイにいきなり常駐するユーティリティとかどうやってみんな作ってるんだろう。