http://www.breuker.demon.nl/thesis/index.html
ここの、"The transposition table"という論文によると、
キーが衝突した時の解決策は

１．盤面の情報を全て記録しておく（メモリ不足になるので良い作法ではない）
２．キーが衝突した局面表に記録されてる手が、現在の局面での合法手かを確認する（エラーを少しは回避できるだろう）

ということらしいです。
２の場合、
ある局面でのある手の評価は、他の局面でも大体一緒だろう、
ということで、違う局面の評価だったとしてもある程度信用できるんじゃないでしょうか。
　６４ビットなら、衝突する可能性は１％程度だそうなんで、そうそうある事じゃないし、
たまに間違えちゃったら、まぁしょうがないかって具合でいいんじゃないですか、、、
市販の将棋ソフトも、大勝勢の場面で投了したり、詰んでない局面で詰みです、とか表示されたりすることもたまにありますし。
それでも嫌なら、ハッシュを使うのをやめればいいわけで・・・