いつも引数付きでyield()してるから勘違いしてた。
普通はlua_gettop(L) == 0だけじゃだめだ。

int main(int argc, char *argv[])
{
　　lua_State *L;

　　L = lua_open();
　　luaopen_base(L); lua_settop(L, 0);
　　luaL_loadfile(L, "test.lua");
　　for (;;) {
　　　　lua_Debug ar;
　　　　int i, n;
　　　　
　　　　if (lua_resume(L, 0) != 0) {
　　　　　　fprintf(stderr, "%s\n", lua_tostring(L, -1));
　　　　　　break;
　　　　}
　　　　if (lua_getstack(L, 0, &ar) == 0 && lua_gettop(L) == 0) break;
　　　　fputs("yield(", stdout);
　　　　n = lua_gettop(L);
　　　　for (i = 0; i < n; i ++) {
　　　　　　if (i > 0) fputs(", ", stdout);
　　　　　　fputs(lua_tostring(L, 1 + i), stdout);
　　　　}
　　　　fputs(")\n", stdout);
　　}
　　lua_close(L);
　　return 0;
}