開発プラットフォームとしてのLinuxに魅力を感じないのは
とにかくオブジェクト指向度が低すぎるということ。GUI云々はその結果でしかないと思う。

いいかげんコンパイル済みのクラスを再利用する仕組みを作って
OSや周辺ツール(上のケースではautomake)をクラス経由でアクセスさせて欲しいね。
# .NETはコンパイラやデバッガすらクラスになってコマンドは唯のフロントエンドに成り下がった。
今一生懸命C/C++でライブラリ貯めても再利用性や利便性はあまり高くないと思うよ。
配布にはヘッダが必要な上にメッセージドリブンなライブラリはC++には向かないし、
その意味で貧弱なパイプでしか通信できないls, tail等のコマンド郡はもっと向かない。

上の研究機関とやらはそのあたりは何もしてないの？MONOやJavaにまかせっきり？
俺的にはレガシーなOSとしてのLinuxはさっさと廃れてCUIベースのフルスクラッチでオブジェクティブなOSに流行って欲しいよ。