>>38
それは多分Checked := FalseしたときにさらにOnClickイベントが発生してしまうから。
多重にイベントが発生しないようにすればいいよ。

var updating: Boolean;

procedure TForm1.ChckBoxOnClick(Sender: TObject);
begin
　if updating then Exit;
　updating := True;
　try
　　... // メインの処理
　finally
　　updating := False;
　end;
end;