ＣＰＵの選択やROMサイズの見積もりは、この仕事を５年くらいやっているのに、
未だに経験したことがありません。
作るものの個数が多くても数十個で、機械に合わせて微妙に動作が違う程度なので、
ほとんどプログラムのサイズは同じだし、かなり違うときがあっても、大は小を兼ねるで、
大きめに作っておけば問題ないので、だいたい共通のマイコンと基板で通してます。
たかだか十個程度のもののために、いちいちマイコンを変えて、基板からデザインし直していたら、
そっちの方がよほどコストがかかるので、ほとんどマイコン周りはいじりません。

何十万という数が流れる量産品ならば、基板から設計し直して、一つの部品当たり数十円のコスト見積もりまでして、
相当シビアな世界なんでしょうけど、同じ組み込み制御と言っても、いろいろあるという一例です。