while(FILE1が終端まで行ってるか?){
　FILE1から読み込み
　while(FILE2が終端まで行ってるか?){
　 　FILE2から読み込み
　}
}
FILE1から1つめのデータを読み込んで、FILE2上の全てのデータで含まれているかどうかチェックする
（この時点でFILE2上にはデータが残っていない）

FILE1から２つめのデータを読み込むと、FILE2には「もうデータが無い」と判断し誤動作する、というわけで。