>>520
rexecはネットワークプロトコルなので、正しい手順で通信すれば
CのプログラムでもJavaのプログラムでも同じように実行できるよ。
きょうびrexecはセキュリティ上の理由でお薦めできないので、
どうせ覚えるならsshを覚えた方が役に立つ。
Java向けのsshライブラリを探してみたらこんなのがあった。
http://www.sshtools.com/

こんなのもありかな…
Process process = Runtime.getRuntime().exec("ssh an_user@otherhost /command/to/execute");
BufferedWriter out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(process.getOutputStream()));
out.write("password");
out.close();

あとは、自前でrexec相当のサーバと通信プロトコルを設計するとか。
rexecの貧弱なサブセットになる可能性が大きいけど。
ServletAPIみたいなフレームワークに乗っかると楽ができそうだ。