同じ癖？に出会ったことある人いないかなぁと思って投げてみました...
すべてバッファリング後に書き出すという処置を試してみます。
どうも見てみたら最後のバッファが2度書き出されてるようでした。
よくわからんち。
とりあえず>>35さんの方法を試してみます、ありがとうございました。

>>37
文字は化けてはいないんです。
現に1000行程度では特に問題が出ませんでしたので。
あと、通常byteで受け取るべきものをPrintWriterに回すにはどうすればよいのでしょうか？
回答に質問すいません...