ソースコードの中で cygwin 環境下でコンパイルされているのかどうか、
さらに -mno-cygwin オプションがつけられていて mingw 用にコンパイル
されているのかどうかを調べることはできませんか？

何かマクロが定義されているならプリプロセッサで#ifdefできてウレシい。