うちはビルドできました．
環境はLinux on Debian，gsl(1.4)，gcc(3.3.4)です．
$ cat test.cpp
#define HAVE_NAMESPACES
#include <ghmm++/GHMM.h>
#include <vector>
using namespace std;
int main() {
vector<double> v;
v.push_back(0.5); v.push_back(0.35); v.push_back(0.75);
// init GHMM_Sequence data structure
GHMM_Sequence seq1(GHMM_DOUBLE, v.size(), 1);
return 0;
}
$ g++ test.cpp -lghmm++ -lghmm -lxmlio -lgxl -lgsl -lgslcblas
ghmmはそのままでビルドできなかったので，ほんの少し手直ししました．
xmlioも古いバージョンのコンパイラで書かれてるみたいで，警告がわんさか出ますね．