びっくりしたので焦って確認もせずに書き込んでしまいましたが、
やはり __attribute__ ((stdcall)) でも内部エラーになります。

template <typename T> struct Type { Type(int){} };

//void __stdcall func(Type<int>);
void func(Type<int>) __attribute__ ((stdcall));
//void func(Type<int>);
//void __stdcall func(int);

int main()
{
func(0);

return 0;
}

//void __stdcall func(Type<int>){}
void func(Type<int>) __attribute__ ((stdcall)){}
//void func(Type<int>){}
//void __stdcall func(int){}