そういう意味じゃない。
きちんと削除してコミットしてくれれば、
cvs diff するだけで、削除されたコードが表示される。
cvs diff -r1.10 -r1.12
101,104d100
< if (hoge < 0) {
< foo();
< bar();
< }

削除した理由はコミットログに書いておく。

#if 0 だの #endif をいつまでもコードに残しておくなってこと。