メッシュのデータと別にボーンのデータを持っておいて、
自力で頂点の重み付けをしたい、ってこと？
そんなのはLightWaveとかに任せちゃえばいいと思うんだが。

ていうか、D3DXで出来ないことを実装したいのならともかく、何か不満があるの？
基本的なことは大体出来る気がするんだがなあ。