俺が昔の職場で策定したソース管理規定の場合（ファイル名は仮称）

原則として、システム全体で共通なインクルード、#defineやtypedefなどは
ヘッダファイル sys_common.h に記述。（下層モジュール毎にも設ける）
機能ごとのクラス定義はクラス毎にヘッダファイル my_class.h に記述、
メンバ関数はヘッダファイルに対応するソースファイル my_class.cpp に記述。

これで綺麗に整理できるし、インクリメンタル・コンパイルにも対応できる。