JavaというよりもDBに関する質問かもしれませんが

DBへのConnectionなのですが
SELECTを複数回繰り返す場合には

con.setAutoCommit(false);

for (int i = 0; i < xxx; i++) {
rs = stmt.executeQuery();
・・・
}

con.commit();

と言う感じでトランザクション内でするべきでしょうか?
パフォーマンス的にはこちらの方が高速なのですが
何か別な問題を引き起こしたりしないでしょうか。