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クラス名がぶつからないように会社のドメインを逆にしたパッケージ名
にするのは知っています。

例えば製品名にバージョンを入れたいときはどうするのでしょう。
jp/co/company/Product1Ver1.0/Test1.class

とか。

それとRuntimeクラスで他のプロセスとしてjavaプログラムを
実行するときも私のプログラムで同じ問題が起きました。


Runtime.getRuntime().exec("java -cp /usr/local/jakarta-tomcat-4.0.6/common/lib/mail.jar
:/usr/local/jakarta-tomcat-4.0.6/common/lib/activation.jar
:/usr/local/jakarta-tomcat-4.0.6/webapps/pd1/WEB-INF/classes/ " +
" jp/co/xxx/pd1/Test1 /usr/local/jakarta-tomcat-4.0.6/webapps/pd1/");

という行を実行したとします。（長すぎるので改行を入れました）
jp/co/xxx/pd1/Test1というプログラムに/usr/local/jakarta-tomcat-4.0.6/webapps/pd1/
というパラメータを渡していますが、Test1で受け取ったパラメータは
すると4.0.6の部分が4/0/6になってしまいます。