そこまで特徴を抽象化するとそりゃ差異は薄れるわさ
BitTorrent は世界を把握してる神様がいる。
Winny には神様いない。

BitTorrent -> コンテンツ配送システム：大容量コンテンツをいかに効率的にユーザに届けるか
Winny -> コンテンツ共有システム：効率はさておき世界が見渡せない状態でいかに上手く共有するか

これだけでかなり大きな違いだと思うわけだが。