以下を回避する方法として、何か良い方法ありますか？
所々に sleep(1); とか書いても駄目でしょうか？

「レンタルサーバでのCGI利用時の制限」
Perl の1プロセスあたりのサーバリソース占有量として、以下の数値を超過する
処理を行う場合はその処理はサーバ側にて中断され、以降の処理は行われません。
「CPU 使用時間…30秒 メモリ使用量…10Mb」

ちなみに cron で1日1回動かしている perl プログラムです。