前スレの985ですが、思い出したので追記しておきます。
CDocTemplate::OpenDocumentFile(NULL) だと
ビューに加えてドキュメントも作成されてしまうので、
ドキュメントとビューの関係が 1 対 多 ではなく 多 対 多 になってしまっていました。
CDocTemplate::CreateNewFrame() と CDocTemplate::CreateNewDocument()
を分けて使うことで今度こそ期待通りの動作をするようになりました。

が、[ウインドウ | 新しいウインドウを開く] で新しいウインドウを開いた時と同じように、
ウインドウのキャプションに :1 とか :2 が付くようになってしまいました。
まぁこっちはそのうち何とかできればいいなぁと思ってます。

>>61
この発言が参考にはなりませんか?
また全てのウインドウを閉じるのは CloseAllDocument() というのがあります。