AppWizard 使ってダイアログベースのアプリケーションを作成して、
App クラスの InitInstance() でやりたい事やって、FALSE で
抜ければいいんじゃん?
コマンドラインとGUIの両方から実行できるツールで、引数やらの
実行環境が正しい時のみ実行し、そうでない時はダイアログを
表示して…なんてやりたい時に、よくやる手だが。

A.exe が作成するプログラムだったら、こんな感じに

BOOL A::InitInstance()
{
　　　AfxEnableControlContainer();
…
　　　#ifdef _AFXDLL
　　　　　　Enable3dControls();
　　　#else
　　　　　　Enable3dControlsStatic();
　　　#endif

　　　{ ←ここから
　　　　　　// do whatever you want like if (2 == _argc) {
　　　　　　// or CString csStrTmp(__argv[1]);
　　　　　　…
　　　　　　return FALSE;
　　　}←ここまで

　　　CWADlg dlg;
　　　m_pMainWnd = &dlg;
…
}