FileOutputStream とかだと追加書き込みできるけど。
http://java.sun.com/j2se/1.4/ja/docs/ja/api/java/io/FileOutputStream.html#FileOutputStream(java.io.File, boolean)
http://java.sun.com/j2se/1.4/ja/docs/ja/api/java/io/FileOutputStream.html#FileOutputStream(java.lang.String, boolean)

RandomAccessFile とかだと
>ファイルサイズを調べて、最後から書き込むって言うやり方
しかないと思われ。大した手間じゃないし。