(DOSじゃなくWin9x向けなのですが)
上司の無茶な思い付きにより
FATとFAT32用のデフラグツールを
独自実装する羽目になりそうです。

Googleで探しても、この辺の資料って少なくて
困ってます(デフラグ製品ばっかり引っかかって、
実装方法やらアルゴリズムに関する資料は
なかなか見つからない・・・)

この辺の勉強にいいページとか本とか
教えていただけないでしょうか?

当方のレベルは、ユーザモードで動く
C/C++/Javaアプリケーションなら
だいたいどんなものでも書ける程度です。
(が、ハードを直接たたくような
コードは書いたことがありません。)