http://www.tosu.org/download/numberplace.htmlから
ソースを持ってきて、
gcj --main=suudoku.Main -o suudoku.exe suudoku/*.javaとコンパイルして
実行した時と、jdkでコンパイルして実行した時で挙動が違います。

具体的には、ウインドウ上の4と7が、gcjの時だけ、3と6と表示されます。
jdkでは、書いてある通り出ます。

なんか計算ミスがあるのでしょうか？

$ gcj --version
gcj (GCC) 3.4.4 20050721 (Red Hat 3.4.4-2)

$ java -version
java version "1.5.0_03"