boost から stl に採用されて移植、みたいなクラスがあったとして、
boost::shared_ptr とか書いてたのを std::shared_ptr って書き直すのってけっこう大変。
using してると 一行書きかえるだけで対応できる。
移植は滅多にないかもしれないけれど、
std → stlport ( __STLPORT_NAMESPACE ? ) はやった事がある人結構居るんじゃない？
面倒だったでしょ？

つまり、自作名前空間や支持されていないライブラリの名前空間は
using しないのが良いのではないだろうか。