>現実的な問題は今のところないですが、転職(予定)先が大手の
>下請けになりそうで、その場合、個人で開発しているアプリ
>(現時点で未公開)をGPLで公開した場合、のちのち問題
>(NDA違反 or GPL違反)にならないのかなと不安になった次第です。

じょーしきてきに考えてこんな心配はいらない。つーかNDAは逆の話だろｗ
なんて言っても心配性の君は2chのレスごときを信じられないだろうから弁護士にでも相談しなさい。

それとは別に会社、プロジェクトのポリシーとして禁じている場合もありえるから
会社に確認しなさい。そういうのはふつー募集要項に明記してると思うけどな。