windows上のJAVAVMは建前上も事実上もエミュレータですよ
PalmだってGBAだってwindows上のエミュレータで動作するが
あれを中間コードと呼ぶ奴はいないだろ？
JAVAもせっかくコンパイラがネイティブコード吐いてるのにスクリプト扱いしてやるなよ