うーん、多分ほとんどの人は25分切れ負けにそんなに特化したプログラミングはしてません。
つまり、それによって進歩の方向性を制限するような小手先の強化はしてません。
だから、特にルールが悪影響を与えているようには思えません。

あと、強いソフトがスペックの高さで勝っているという印象があるみたいだけど、
それはまぁ間違いでしょう。
やっぱり強いソフトが強いのは、ハードの差による違いとは次元が違います。
決勝の辺りで戦ってるソフトがほぼ最高スペックのハードをそろえるのは、
プログラマ自身の精神衛生上の問題な気がします。

あと、30秒将棋にすると
「どこが勝負どころなのか」「どこで時間を使うべきなのか」
を考える必要が無くなって、ルール改正が逆に進歩を妨げる方向に働きそうです。
基本的に、進歩を促すためにはより厳しいルールを設定しないと。

もちろん、今のソフトが8時間とか持ち時間を与えられたら持て余すのも事実で、
長い時間を有効に使う研究というのもありかもしれません。
が、プログラムを作るという観点からはちょっとつらいですね。
何度も対局させて、そこで出てきた問題点を潰して、また対局させる、
というのがプログラムを育てる普通の方法なので、一局16時間もかかっていてはたまりません。