ﾃﾞｷﾀ━(ﾟ∀ﾟ)━!!!!
>>134,>>144両氏指摘のように、
原因はfwriteおよびfreadの書き込み、読み込み数指定が間違っていたようです。
プログラムでは
fwrite(a,sizeof(double),input*middle,fp)
といったように書いていたのです。
inputとmiddleはdefineであらかじめ定義してありました。
特にinputは
#define input aho+bakaといった形で・・・
今まで本当に知らなかったのが恥ずかしいくらいなのですが、
この状態でinput*middleってやるとaho+baka*middleってことになるんですね・・・
てっきりahoとbakaの和がinputに入るんだとばかり思ってました・・・
#define input (aho+baka)で解決しますた。(´･ω･`)

書き込みから間違ってることが判明したので、
25時間かけたデータを取り直しまつ・・・(´･ω･`)

>>144氏の言うとおり、出力ファイルのサイズはsizeof(double)が8だったので
8*(130*100+100*32+100+32)=130656Byte　が正しかったのですが、
質問時の出力ファイルは28kByteくらいでした・・・
今考えると8*(31*100+7*32+6+100+32)=27696Byte　だったのですね・・・

みなさまありがとうございますた。ご迷惑おかけしますた。逝ってきまつ。