>>127
ファイルサイズが期待した通りになっているかを確認。
ファイルの中を見てみて、0が書かれているようなら、
fwrite、そうでなければ読み込みがfreadを見直す。

たぶん、二次元配列のサイズ計算が間違えているんだと思う。
途中からとかではなくて、実際にどこから0が書かれているかを
調べるのもいいと思う。（地道なことをちゃんとやらんと）