馬鹿だな。
CLOCKS_PER_SECで割らないんだよ。
例えば、

int a,b;
clock_t start,end;

start=clock();

・・・何かの処理・・・

end=clock();

a=(end-start)/1000;
b=(end-start)-a*1000

とすれば、aはカンマ以上の秒を表して、bはカンマ以下の秒を表す。