Javaの特徴
・改善されたが、ちとオーバーヘッドがある
・細かいところは、手間がかかったりする
・特に100% Pureは、かなり標準化を徹底しないとできない
・FireWallを超えるには、別途WebServicesを使う方向性
・バージョン毎のAPI変更がある
・ただ、小規模から大規模までの事例・実例は多い(個人から都銀まで)

.NETの特徴
・MSが判決でJava提供を禁止されたため、急遽作られた対抗製品(特にC#)
・基本はJavaだが、後発としていくつか便利になった
・Windowsプラットフォーム間のみで互換性・可搬性(IA32,IA64...)あり
・他システム連携や、ファイヤーウォール超えは、別途WebServices併用
・ただ、本格的な実例がまだほとんど無い(これが最大の難点)