もう充分話題になっているので皆知っていると思いますが。

apache2.0.45以前の鯖でmod_deflateを有効にすると
mod_deflateがファイルのMIMEタイプを見ずに圧縮しようとするため、
既に圧縮されている.gzのファイルに対して再圧縮が起こります。
これはapacheのバグであり、2chの問題ではないため、
「mod_deflateを使わない」以外に避ける方法は無いようです。

このバグは既にapache.orgに報告されているため、次回のリリースにて
修正されると思われます。
修正バージョンが2chに導入されれば対策は不要ですが、
それまでは２重圧縮に対する対策が必要です。
(.gzを取得するときにAccept-Encodingにgzipを送らず、Content-Encodingも見る)

参考
http://qb.2ch.net/test/read.cgi/operate/1047840578/210-242
http://qb.2ch.net/test/read.cgi/operate/1047840578/235
http://qb.2ch.net/test/read.cgi/operate/1047840578/322