×$str = `cat $input | hoge.pl`;
○$str = `echo $input | hoge.pl`;
でした。すみません。
肝心なところでミスを・・・

>462
ということで、すみません、それです。
確かに、pipe+forkはやったことがないので苦しいかと思いますが
勉強したいので。。