アルゴリズムを開発するならやっぱりCだ。
特にハードウェア開発を想定するようなアルゴリズムはC以外考えられない。
C++で継承なんかを多用するとハードウェアの状態が見えにくくなる。
学生のお遊び程度の卒論/修論程度ならMatlabっていうのもあるけどね。