>>706
Set>>#= を調べると、Object>>#== で判断していることが分かります。
このメソッドはオブジェクトのobject pointerが等しいかどうか、
つまり同一オブジェクトかどうかを判定します。

また、(Set withAll: #(3 1 4 1 5 9)) と (Set withAll: #(3 1 4 5 9))
の両方をinspectしてみると、内部の状態も微妙に異っています。
これは Set class>>withAll:を調べてみると理由がなんとなく分かります。