一つの命令自体のクロック数はあまり意味はないけど、
・メモリアクセスがない
・分岐がない
・複雑な命令がない
・依存関係のある命令が少ない
場合ならば、充分意味があるよ。

少なくとも俺は、
「両方Cで書いて分岐の有無によるテスト」か
「両方アセンブラで書いて分岐の有無によるテスト」
にしないなら、
「片方をC、片方をアセンブラで書いてどちらも分岐命令を使う」
「片方をC、片方をアセンブラで書いてどちらも分岐命令を使わない」
でなければ、あまり意味はないと思っているけどね。

出来れば、全てアセンブラでアラインも揃え、
分岐の有無による差を見たいけどね。