sem_wait(sem);
pthread_mutex_lock(mutex);

この2つをアトミックにしたいのです
sem_wait()から起き上がったら
誰にも邪魔されずにpthread_mutex_lock()できるように。

この間だけSCHED_FIFOの最高プライオリティにすることで
対処しようとしていますが、あってますか?

注
アトミックにすることなんて考えないで
その2つをpthread_cond_wait()に置き換えるというのは
もう除外されてます。