タプルをキーとしたディクショナリを使ったり、、、＜２次元配列

d = {}
d.get((x.y),DEFAULT) #DEFAULTを返す
d[(x,y)] = "hoge"
d.get((x,y),DEFAULT) #"hoge"を返す

何かの値（DEFAULT)で平面全体を初期化するなら

d = {}
for x in range(100):
　for y in range(100):
　　d[(x,y)] = DEFAULT

リストを使いたいなら前スレでがいしゅつの

L = [[0]*3]*2
print L #[[0, 0, 0], [0, 0, 0]]
L[0][1] = 1
print L #[[0, 1, 0], [0, 1, 0]]

L = []
for i in range(2):
　L.append([0]*3)
print L #[[0, 0, 0], [0, 0, 0]]
L[0][1] = 1
print L #[[0, 1, 0], [0, 0, 0]]

みたいな罠がある。

#科学計算とかゲームとかで2次元配列を使うつもりなら
#それ専用のライブラリを探した方が良いです。