>>679
そのユーティリティは対象アプリのパスを渡すだけで
バイナリを自動的に修正していました。
外部から条件分岐の場所を判別することって
できるものなのでしょうか？

>>680
Mutexを識別する文字列はどのようにして
格納されているのでしょうか？
VC++でビルドされたものと限定しても構いません。
これがわかればそこを数バイト書き換えれば
うまくいきそうですね。