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大規模開発といっても人によっていろいろ定義があると思います。

>JavaBeansで実装した場合に比べて、EJBを使用した場合
>クラスタリングやアベイラビリティの面で違いはあるのでしょうか？
EJBはAPサーバーが対応していればクラスタリングが可能です。
クラスタリングが可能なのはコンテナ上で管理されている
分散オブジェクトであということが理由の一つです。

オブジェクトのプーリングによって無駄なインスタンスの生成が減るので
可用性も向上すると考えていますが、どうでしょうか？

ただ、実装方式が違うので、全く同条件でJavaBeansと比べられるとは
思っていません。
オブジェクトプーリングなどは、Jakarta-commonsでも実現できますし。

EJBを無駄な仕組みだと思って使わないも自由。
提供される仕組みを上手く使おうというのも自由ですね。
既にある技術を上手く使いこなすほうが得策だと思いますが。
少なくとも独自の方式で実現するよりきちんとテストされている、
ベンダー製品の方が信頼性も高いと思います。